Grado en Bioquímica - TFG - Cursos 2020/2021 - 2029/2030

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    Análisis de RNA Seq en un modelo murino de linfoma utilizando R/Bioconductor
    (2023-06-01) Sánchez-Zepeda, S. (Santiago); Novo-Villaverde, F. J. (Francisco Javier)
    El linfoma difuso de células B grandes de subtipo célula B activada (ABC DLBCL) representa el subtipo de linfoma DLBCL más agresivo. Estudios han observado que los niveles de expresión de la enzima AID en este subtipo de linfoma se encuentra n m á s altos y q ue en aproximadamente el 50% de los casos se considera que existe una alteración de la hipermutación somática, principal proceso de la enzima AID. En este trabajo se estudia el desarrollo del linfoma ABC DLBCL en ratones Mus musculus en presencia (pBIC) y ausencia (pBICA) de la enzima AID por medio del transcriptoma obtenido a partir de sus células B del bazo , el cual se analiz ó por medio de herramientas bioinformáticas. Estudios previos realizados por el Departamento de Bioquímica y Genética de la Universi dad de Navarra habían ya realizado un análisis similar y no habían encontrado resultados significativos entre los dos grupos. Sin embargo, en este estudio se lograron obtener resultados significativos entre ambos grupos que indicaban que las muestras del g rupo pBICA presentaron un perfil transcripcional más parecido a células B no tumorales con señales correspondientes a una menor proliferación celular como una menor expresión de dianas de Myc, mTOR, genes ribosomales y una marcada disminución de fosforilac ión oxidativa.
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    Síntesis y evaluación biológica de derivados de selenio en diferentes tipos de Leishmania
    (2023-05-30) Maldonado-Benítez, M.F. (María Fernanda); Plano-Amatriain, D. (Daniel); Moreno-Amatria, E. (Esther)
    La leishmaniasis, también conocida como leishmaniosis, es una enfermedad parasitaria causada por el protozoo Leishmania, común en regiones tropicales y subtropicales. Es considerada una de las 20 enfermedades tropicales desatendidas (ETD) por la Organización Mundial de la Salud (OMS) y se estima que se producen 1,3 millones de casos nuevos al año, de los cuales entre 20.000 y 30.000 de ellos son causa de muerte. No existe una vacuna y los tratamientos actuales basados en quimioterapia tienen importantes efectos adversos, son largos y costosos y, en los últimos años, han aparecido resistencias frente a ellos, lo que ha llevado a buscar nuevos enfoques terapéuticos, con alternativas que tengan menor toxicidad y mayor eficacia. Algunos compuestos derivados del Selenio han mostrado importante actividad leishmanicida in vitro e in vivo por su impacto en varias rutas esenciales para la supervivencia del parásito. Por ello, han emergido como potenciales quimioterápicos en el tratamiento de esta enfermedad. En este proyecto, se planteó la síntesis de un derivado diseleniuro y dos selenocianatos, y su evaluación biológica frente al parásito Leishmania para identificar su actividad leishmanicida y estimar su eficacia. Además, se sintetizaron y evaluaron dos sulfonamidas, que son compuestos que no contienen Selenio en su estructura, para así poder comparar su eficacia frente a los derivados de Selenio. Su actividad biológica fue evaluada mediante el ensayo MTT, mostrando valores de EC50 menores de 25 μM para el diseleniuro y los selenocianatos. Por el contrario, las sulfonamidas mostraron una menor actividad leishmanicida, reforzando la hipótesis de que el átomo de Selenio juega un papel clave en la actividad de estos compuestos. Finalmente, el diseleniuro C6/C6.2 resultó ser el líder de este trabajo presentando una actividad leishmanicida hasta 7 veces superior que la presentada por el fármaco de referencia miltefosina (EC50~ 10 μM vs. ~70 μM, respectivamente en L. major). A pesar de estos resultados, se necesitan más estudios para determinar el verdadero potencial leishmanicida de este diseleniuro.
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    Omalizumab, the innovative biologic that disrupted the market of the treatment of allergic diseases
    (2022) Pérez-Herranz, I. (Irene); Carnés-Sánchez, J. (Jerónimo)
    Omalizumab, the blockbuster monoclonal antibody anti-IgE that revolutionized the market by the disruptive innovation that supposed more than 20 years ago. This biological drug changed the paradigm of the treatment of allergic diseases, particularly severe allergic asthma and chronic spontaneous urticaria. It opened up a new alternative world of possible treatments, covering the clinical unmet needs of asthmatic patients and creating value for patients who do not respond well to traditional medicines (small-molecules). Its efficacy and safety have been demonstrated in numerous clinical trials and Real-World Evidence. These observations have favoured the life cycle management of the product for new applications, including nasal polyposis and food allergies. However, it is no longer the only biological on the market for the treatment of these pathologies, so how is it possible that after so many years it is still a blue ocean product?
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    Characterization of potential therapeutic targets in Leishmania infantum
    (2023) Casquero-Fernández-de-Ana, C. (Carlos); Fernández-Rubio, C. (Celia); Larrea-Leoz, E. (Esther)
    Leishmaniasis is a parasitic disease caused by various species of Leishmania, which affects millions of people worldwide. Current treatments for leishmaniasis often present adverse effects and may not be effective against every Leishmania strain or form of the disease. Therefore, it is essential to explore new therapeutic approaches to combat the parasite. In this study, we focused on the PeBoW complex proteins homologous in Leishmania, which is involved in ribosomal biogenesis and plays a critical role in cancer development in mammalian cells. Recently, a homologue of the oncogene PES1 was found in Leishmania major, which plays a crucial role in parasite infectivity. Given this, we analyzed the possibility of using other PeBoW complex partner genes in Leishmania as therapeutic targets for leishmaniasis treatment. Specifically, our investigation aimed to characterize the partner WDR12 homologous in Leishmania infantum (LmjWDR12) as new therapeutic approach.
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    Development of G9a-targeted BioPROTACs based on peptides and nanobodies
    (2022) Gómez-Vegas, L. (Lucía); Pineda-Lucena, A. (Antonio); Ibarra-García, V. (Vianca)
    This project arose motivated by the high incidence that neoplastic pathologies have nowadays, and therefore by the need that our society has to find a solution against them. The main objective of this research was to identify specific peptides and nanobodies against G9a methyltransferase, whose role in cancer is to introduce epigenetic modifications to silence tumor suppressor genes. The strategy followed focuses on degrading this enzyme through the Biological Proteolysis Targeting Chimera (BioPROTAC) system, made up of either the aforementioned peptides or nanobodies. A search for these specific molecules was carried out using phage display, to find the most specific candidates against the previously produced and purified G9a. Later, the binding affinity of the selected clones was evaluated, the BioPROTAC construct was designed, and immunocytochemistry (ICQ) was performed to check their cellular internalization. In short, it was possible to select 3 peptide clones and 16 nanobodies with a good affinity for G9a, in addition to designing a system capable of being introduced into the tumor cell. This represents a project of Targeted Protein Degradation (TPD) for drug discovery with its main objectives met. Furthermore, this study will facilitate future investigations aimed at confirming the efficacy of the system to degrade the enzyme, in order to conduct additional testing of its therapeutic effect.
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    Desarrollo de un método de cribado de fármacos para identificar nuevas drogas capaces de revertir el fenotipo resistente de las células cancerosas a la destrucción por células CAR-T.
    (2023) Marañón-López, J. (Javier); Hervas-Stubbs, S. (Sandra)
    En los últimos años, la terapia de células T con receptor de antígeno quimérico (CAR) se ha convertido en un tratamiento prometedor para el tratamiento del cáncer. A pesar de este progreso, una proporción significativa de pacientes experimenta resistencia a la terapia CAR-T. Las células cancerosas pueden ser insensibles a la destrucción por las células CAR-T, lo que se conoce como resistencia intrínseca. Esta resistencia intrínseca es responsable de una parte muy significativa del fracaso de este tipo de terapias que afecta a todo tipo de tumores, siendo una dificultad adicional para la eficacia de las células CAR-T en el tratamiento de tumores sólidos. Mucho de los mecanismos de resistencia intrínseca están regulados a nivel epigenético. Recientemente, se han desarrollado y probado varios inhibidores epigenéticos en cáncer. El enfoque principal de la mayoría de los estudios hasta ahora ha sido el efecto citotóxico directo de estos compuestos, y pocos estudios han investigado la capacidad de revertir el fenotipo resistente de las células cancerosas a la terapia CAR-T. Existe la necesidad de una metodología sistemática para identificar nuevas drogas que sensibilicen a la célula tumoral a la destrucción por las células CAR-T. Mediante la expresión de flaying luciferase (fLuc) en líneas murinas de tumores sólidos que expresan el antígeno EGFRvIII, hemos establecido un protocolo simple, preciso, sensible y robusto para detectar sensibilizadores epigenéticos. Demostramos la eficacia de nuestro protocolo e identificamos varios inhibidores epigenéticos capaces de sensibilizar a las células tumorales a la destrucción por un CAR anti-EGFRvIII.
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    Empleo de endolisinas frente a Gram-negativos
    (2023-05-30) Amate-Merino, A. (Ander); Martinez-de-Tejada, G. (Guillermo)
    El creciente problema de las resistencias a los antibióticos ha causado que se empiecen a buscar y desarrollar alternativas para tratar las infecciones que han sido provocadas por bacterias patógenas. Una de estas alternativas que está llegando con fuerza son las endolisinas, unas enzimas líticas derivadas de los bacteriófagos que tienen como objetivo la lisis de las bacterias al actuar sobre la pared celular. Gracias a ventajas que poseen, como lo son su alta especificidad o su ausencia de resistencias, son una alternativa muy prometedora para desplazar a los antibióticos, aunque aún deben demostrar su superioridad sobre estos. Sin embargo, las bacterias Gram-negativas presentan una capa externa más compleja y resistente que las hace menos susceptibles a la acción de las endolisinas respecto a las bacterias Gram-positivas. A día de hoy se están desarrollando nuevas estrategias para mejorar su acción contra las bacterias Gram-negativas y convertirlas en una opción viable para el tratamiento de infecciones bacterianas.
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    Estudio de la expresión de ghrelina en píloro, duodeno y yeyuno de ratones NOD y NOD/SCID de 20 semanas
    (2022) Pedro-Ibor, A. (Ana); Bodegas-Frías, E. (Elena)
    La diabetes mellitus (DM) es una enfermedad crónica caracterizada por una hiperglucemia derivada de una disminución en la secreción y/o de una deficiencia en la acción de la insulina. Una de las características clínicas de la DM es el retraso en el vaciamiento gástrico, también conocido como gastroparesia diabética. La motilidad gastrointestinal está regulada por varias hormonas gastrointestinales, entre las que se encuentra la ghrelina, cuya función es la estimulación del vaciamiento gástrico. Es probable que en la DM, la expresión de esta hormona se vea disminuida, generando la gastroparesia diabética. En este trabajo se ha estudiado la expresión de ghrelina en el píloro, duodeno y yeyuno de 20 ratones (machos y hembras) tipo NOD (modelo animal de DM1) y 10 ratones macho tipo NOD/SCID (grupo control) de 20 semanas de edad, mediante una técnica inmunocitoquímica (ICQ). Además, los ratones NOD se han dividido en función de sus glucemias (8 ratones NOD normoglucémicos (NODN), 8 ratones NOD hiperglucémicos (NODH) y 4 ratones NOD diabéticos (NODD)). Tras la realización de la técnica ICQ, se calculó la densidad de células inmunorreactivas (IR) para la ghrelina, tanto en la túnica mucosa del píloro y yeyuno, como en la túnica mucosa y submucosa del duodeno. Los resultados obtenidos, en todos los grupos, muestran una disminución significativa de la densidad de células IR para la ghrelina desde el píloro hacia el tracto gastrointestinal inferior. Se ha encontrado un aumento no significativo de la densidad celular IR para la ghrelina en el píloro y duodeno de los ratones NOD hembra frente a los ratones NOD macho y NOD/SCID y un aumento significativo en el yeyuno de los ratones NOD macho frente al grupo control. Por último, se ha observado una disminución no significativa de la densidad de células IR para la ghrelina en el píloro y duodeno de los ratones NODD frente a los NODN y NODH.
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    Optimization of tumor immunotherapy in breast carcinoma. Tumor microvasculature normalization: blood vessels' endothelium
    (2021) Fierro-Hernández, P. (Patricia); Rouzaut, A. (Ana)
    Breast cancer is one of the most common and malignant cancers nowadays. Like many cancers, it is extensively regulated by pro-angiogenic and pro-lymphangiogenic factors, which induce rapid vasculature growth. This results in aberrant vessels which enhance a pro-tumor environment by preventing treatment against cancer to get to the tumor, inducing the malignancy of cancer cells, and inhibiting the immune response. In the last years, antiangiogenic treatment was suggested as a possible way to eliminate the tumor-supporting environment. This approach was soon replaced by the judicious use of these anti-angiogenic molecules in normalizing concentrations, to prevent pro-tumor effects, such as cell malignification. In a novel approach to prevent these processes to occur, we have designed a treatment based on the normalization of the tumoral vasculature of triple-negative breast carcinoma, so they return to their physiological state. For this aim, we have analyzed the effects of the blockage of VEGF-A and VEGF-C signaling pathways (angiogenesis and lymphangiogenesis), by targeting their receptors, VEGFR2 and VEGFR3, with inhibitor molecules (DC101 antibody and SAR131675 molecules).
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    Study of the protective capacity of a β-cyclodextrin polymer with chlorogenic acid (coffee antioxidant)
    (2021) Valdaliso-Diez, E. (Eunate); Vélaz-Rivas, I. (Icíar)
    This study focuses on coffee as a source of antioxidants, hence, protecting from the damage caused by free radicals; which has been demonstrated to have a protective action in numerous diseases. This capacity is attributed to its phenolic compounds among which chlorogenic acid stands out, together with caffeic acid. Besides, cyclodextrins are well known for their capacity of forming inclusion complexes where the host molecule is located in the interior cavity, allowing the transport and storage of it. My experimental project is focused on the synthesis and characterization of a protective polymeric system formed by β-cyclodextrin, which is then going to be loaded with chlorogenic acid. This inclusion complex as well as the β-cyclodextrin polymer and chlorogenic acid themselves, have been studied through preliminary studies of stability, using principally UV and FTIR spectroscopies as well as thermogravimetric calorimetry, which showed that the polymer prevents the acid from degrading through time, when maintained either at dark or in direct sunlight. The protective effect has been determined through scavenging capacity measurements analyzing the variation in the activity of chlorogenic acid as well as its change when the acid is introduced into β-cyclodextrin. For this, it has first been studied the change in absorbance using a mixture of 2,2-diphenil- 1-picrylhydrazyl (DPPH) and chlorogenic acid at different concentrations; leading to the already known fact that, at higher concentrations, the antioxidant capacity increases. Furthermore, the controlled release of the antioxidant from the cavities of the β- cyclodextrin in the polymeric matrices has been studied through Sotax Dissolution tests and applying mathematical models. This data leads to the conclusion that the CD-chlorogenic acid inclusion complex helps to maintain the integrity and scavenging activity of the bioactive compound especially when the chlorogenic acid is measured over time.