Justificada teológicamente la Insurgencia (vencidos los escrúpulos de conciencia provocados por la ruptura de la «obediencia debida») los pensadores latinoamericanos afrontaron, durante la primera década republicana unos cuantos temas teológicos de indudable interés: autoridad del papa en la aprobación o descalificación de la independencia americana; jurisdicción del Romano Pontífice en la designación de los obispos latinoamericanos; subrogación del patronato regio por parte de las nuevas autoridades republicanas: cuestión de la tolerancia de cultos; crítica de los autores liberales europeos; y discusión del milenarismo mitigado.